San Francisco Frontiers - Un nuovo metodo open source legge il Dna tumorale

Capire se in un tumore un gene è mutato può non essere sufficiente. In molti casi conta anche sapere quante copie di tale gene sono presenti nelle cellule tumorali e quanto questa alterazione incida sul comportamento della malattia. È questo il punto di partenza dello studio coordinato da Giulio Caravagna, docente di Informatica dell'Università di Trieste e responsabile del Cancer Data Science Laboratory, pubblicato su Nature Genetics. Il gruppo di ricerca, di cui fanno parte l'Irccs Istituto nazionale tumori Regina Elena di Roma e l'Irccs Studi fisioterapici ospitalieri, ha proposto un nuovo modo di leggere il Dna tumorale, sviluppando Incommon, un metodo computazionale open source, procedimento basato sull'uso di algoritmi e computer per risolvere problemi complessi, che consente di stimare il numero di copie mutate di un gene e la molteplicità delle mutazioni a partire dai sequenziamenti mirati comunemente utilizzati nella pratica clinica oncologica. Incommon utilizza modelli avanzati di inferenza statistica e machine learning per interpretare i risultati dei test molecolari clinici alla luce di grandi collezioni di tumori sequenziati a livello di genoma intero. Nello studio, sostenuto anche da Fondazione Airc, i ricercatori hanno analizzato oltre 60mila campioni clinici di pazienti, relativi a 39 diversi tipi di tumore e più di 500mila mutazioni. Stratificando oltre 20mila pazienti in base al dosaggio mutazionale di diversi oncogeni e geni oncosoppressori, i ricercatori hanno individuato 46 biomarcatori specifici per tumore e associati alla sopravvivenza complessiva: 13 di questi biomarcatori, distribuiti in 12 tipi di tumore, non sarebbero stati rilevati con i modelli tradizionali basati sulla sola distinzione tra gene mutato e gene non mutato. I risultati ottenuti - sottolinea una nota dell'Università di Trieste - offrono anche nuove indicazioni sul comportamento metastatico dei tumori. I ricercatori hanno identificato 26 biomarcatori associati in maniera ricorrente alla diffusione metastatica in 10 tipi di cancro e 20 biomarcatori la cui presenza permette di predire la tendenza del tumore a diffondersi verso specifici organi in cinque tipi di tumore. Il lavoro apre la strada a studi futuri in cui integrare le informazioni sui trattamenti ricevuti dai pazienti, per capire se il dosaggio mutazionale possa avere non solo valore prognostico, ma anche predittivo della risposta alle terapie specifiche.

L.Nguyen--SFF