San Francisco Frontiers - Strumento IA sonda genoma in cerca di punti chiave per la salute

Creato uno strumento di intelligenza artificiale per studiare i punti più oscuri del genoma alla ricerca del codice per 'microproteine' con effetti potenzialmente importanti per la salute. È quanto riferito sulla rivista BMC Methods da esperti del Salk Institute di La Jolla, in California. Con il loro nuovo strumento ShortStop, i ricercatori possono analizzare i database genetici e identificare i tratti di DNA nel genoma che probabilmente codificano per microproteine. ShortStop prevede anche quali microproteine hanno maggiori probabilità di essere coinvolte nella salute e nelle malattie. Ad esempio hanno trovato 210 microproteine completamente nuove collegate al tumore ai polmoni che potrebbero diventare un buon bersaglio terapeutico in futuro. Il codice genetico per le microproteine è localizzato nel Dna meno studiato, chiamato erroneamente "non codificante". Ma nonostante siano piccole e sfuggenti, il loro impatto può essere altrettanto grande quanto quello delle proteine più grandi. È difficile rilevare e catalogare le microproteine, soprattutto a causa delle loro dimensioni, spiegano gli esperti. Rispetto alle proteine standard, che possono variare da centinaia a migliaia di aminoacidi, le microproteine contengono in genere meno di 150 aminoacidi, il che le rende più difficili da rilevare utilizzando metodi di analisi delle proteine standard. Pertanto, invece di cercare le microproteine stesse, gli scienziati cercano grandi set di dati disponibili al pubblico per le sequenze di DNA che le codificano. Quando i ricercatori hanno applicato ShortStop a un set di dati genomici precedentemente pubblicato, hanno identificato probabili microproteine funzionali. Ciò accelera la caratterizzazione delle microproteine filtrando le sequenze che difficilmente hanno rilevanza biologica. "Ciò che rende ShortStop particolarmente potente è che funziona con tipi di dati comuni, come i set di dati di sequenziamento dell'RNA, che molti laboratori già utilizzano", afferma il primo autore Brendan Miller. "Ciò significa che ora possiamo cercare microproteine in tessuti sani e malati su larga scala, il che rivelerà nuove intuizioni sulla biologia umana e aprirà nuove strade per la diagnosi e il trattamento di malattie, come il cancro e il morbo di Alzheimer".

O.Anderson--SFF